津田ふみかの日記「XG の MIDI ファイルとサウンドカード」でXGに対応したMIDIファイルの再生環境をそろえるのに苦労した話が出ていました。まあ、この問題の直接の原因はYMF~のPC用のサウンドチップの設計をほぼYAMAHAが終息させてしまったことですね。
間接的な理由としては、PCにおけるMIDIファイルの再生機会が激減していることと、その背景として音楽作成の上でもAcidの登場以後Loopを用いた編集が多くなったことをあげられるでしょう。実際、PCゲームの音楽演奏もほとんどがMIDIベースによるものではなく、リニアPCMか何らかの圧縮がかかったかを置いておいても基本的にWaveを垂れ流す方式になっています。
実際問題、近頃はPC上で音楽作成をする場合、音源を取り扱う上では 物理的なMIDI音源を相手にするよりはDXiやVSTiといったシステムで コントロールされるソフトウェア音源を使うことが多いですしね。 で、こういったものを使っている場合にはその設定情報とかは特定のホストアプリケーションの フォーマットにしか入らず、Standard MIDIにすると情報が落ちてしまいますからね。

